Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, одобрил застройку зеленой зоны в Юбилейном микрорайоне, где планируется возведение храма. Это стало возможным благодаря изменению генплана города, несмотря на протесты местных жителей. Копия утвержденного документа была опубликована активисткой Яной Антоновой, в которой указано размещение собора Пресвятой Богородицы в ранее рекреационной зоне, предназначенной для парков и скверов.
С 2021 года, когда городские власти впервые заявили о намерении построить храм на набережной, местные жители активно выступали против, ссылаясь на прежние положения генплана. В августе 2024 года участок под храм был выделен, а кубанский губернатор подтвердил, что «храму быть». В конце сентября мэрия предложила изменения в генплан, обозначив набережную как «зону религиозного использования».
Жители получили всего неделю на подачу замечаний к проекту, что вызвало недовольство и протесты, которые власти не согласовали. Активистов, выступающих против застройки, подвергли давлению, включая задержания и предупреждения. Несмотря на это, новый генплан был принят депутатами городской думы большинством голосов.